マブラヴ オルタネイティヴ2001年10月22日――平和な日本で暮らしていたはずの白銀 武は、突然「並行世界」に放り出された。
そこは、数十年に渡る地球外起源種「BETA」との戦争によって、人類滅亡の危機に瀕した世界――軍事が全てに優先する最前線国家「日本」だった。
世界間を移動した原因もわからないまま、現実に翻弄され続けていた武も、いつしかその運命を受け入れ、人類救済計画「オルタネイティヴ4」に関わる国連軍衛士として、愛する者達と共に戦い続ける。
だが、国家間の利害問題を克服できなかった人類は、地球放棄計画「オルタネイティヴ5」を選択してしまうのだった。